यस आयोगको कार्य संचालनको लागि सुदूरपश्चिम विकास परिषद, सुदूरपश्चिम विकास आयोग, सुदूरपश्चिम विकास आयोगको सचिवालय गरि ३ तहको संगठनिक संरचना तयार गरिएको छ ।
१) सुदूरपश्चिम विकास परिषद
आयोगको नीतिगत मार्गदर्शनको लागी सुदूरपश्चिम विकास परिषदको व्यवस्था गरिएको छ । यसले आयोगको दीर्घकालीन नीति, योजनाहरुको स्वीकृति प्रदान गर्ने, समग्र सुदूरपश्चिम क्षेत्रको सर्वाङ्गीण बिकासको लागि आवश्यक राय, सुझाव, परामर्श दिने कार्य गर्दछ र यसको गठन देहाय अनुसार हुने गर्दछ ।
| क्र.स | श्रेणी | पद |
| (क) | प्रधानमन्त्री | अध्यक्ष |
| (ख) | सबै विभागीय म्नत्री वा राज्यम्नत्री | सदस्य |
| (ग) | राष्ट्रिय योजना आयोगका उपाध्यक्ष तथा सदस्यहरु | सदस्य |
| (घ) | आयोगको अध्यक्ष | सदस्य |
| (ङ) | सुदूर पश्चिम क्षेत्रबाट व्यवस्थापिका–संसद्मा प्रतिनिधित्व गर्ने सदस्यहरु | सदस्य |
| (च) | मुख्यसचिव, नेपाल सरकार | सदस्य |
| (छ) | राष्ट्रिय योजना आयोगका सदस्यहरु | सदस्य |
| (ज) | गभर्नर, नेपाल राष्ट्र बैंक | सदस्य |
| झ) | सचिव, प्रधानमन्त्री तथा मन्त्रीपरिपषद्को कार्यालय | सदस्य |
| (ञ) | सचिव, अर्थ मन्त्रालय | सदस्य |
| (ट) | सचिव, उद्योग मन्त्रालय | सदस्य |
| (ठ) | सचिव, ऊर्जा मन्त्रालय | सदस्य |
| (ड) | सचिव, कृषि विकास मन्त्रालय | सदस्य |
| (ढ) | सचिव, भौतिक पूर्वाधार तथा यातायात मन्त्रालय | सदस्य |
| (ण) | सचिव, वन तथा भू–संरक्षण मन्त्रालय | सदस्य |
| (त) | सचिव, जनसंख्या तथा वातावरण मन्त्रालय | सदस्य |
| (थ) | सचिव, शिक्षा मन्त्रालय | सदस्य |
| (ध) | सचिव, सङ्घीय मामिला तथा स्थानीय विकास मन्त्रालय | सदस्य |
| (न) | सचिव, सहकारी तथा गरिबी निवारण मन्त्रालय | सदस्य |
| (प) | सचिव, सहरी विकास मन्त्रालय | सदस्य |
| (फ) | सचिव, सिँचाई मन्त्रालय | सदस्य |
| (ब) | सचिव, सूचना तथा सञ्चार मन्त्रालय | सदस्य |
| (भ) | सचिव, स्वास्थ्य मन्त्रालय | सदस्य |
| (म) | सचिव, पशुपंक्षी विकास मन्त्रालय | सदस्य |
| (य) | सचिव, खानेपानी तथा सरसफाई मन्त्रालय | सदस्य |
| (र) | सचिव, राष्ट्रिय योजना आयोगको सचिवालय | सदस्य |
| (ल) | विभिन्न क्षेत्र, वर्ग र समुदायको प्रतिनिधित्व हुने गरी सुदूर पश्चिम विकासमा योगदान पुर्याएका व्यक्तिहरुमध्येबाट कम्तिमा तीन महिला सहित आयोगद्धारा मनोनित १०जना | सदस्य |
| (व) | कार्यकारी निर्देशक | सदस्यसचिव |
२) सुदूरपश्चिम विकास आयोग
तोकिएको लक्ष्य तथा उद्देश्य प्राप्त गर्न आवश्यक नीति, कार्यक्रम तर्जुमा गर्न, कार्यक्रम संचालन गर्न यस आयोगको व्यवस्था गरिएको छ । यस आयोगको गठन देहाय बमोजिम भएको छ ।
| क्र.स | श्रेणी | पद |
| १ | राष्ट्रिय योजना आयोगक सदस्यहरु मध्येबाट नेपाल सरकारले तोकेको ब्यक्ती | अध्यक्ष |
| २ |
सुदुरपश्चिम क्षेत्रका स्थायी बसिन्दा मध्ये बाट मनोनित – सदस्य ५ (सदस्यहरुको विवरण अनुसूचिमा समावेश गरिएकोछ ।) सचिव, अर्थ मन्त्रालय |
सदस्य |
| ३ |
सुदुरपश्चिम क्षेत्रका स्थायी बसिन्दा मध्ये बाट मनोनित – सदस्य ५ (सदस्यहरुको विवरण अनुसूचिमा समावेश गरिएकोछ ।) सचिव, अर्थ मन्त्रालय |
सदस्य |
| ४ |
सुदुरपश्चिम क्षेत्रका स्थायी बसिन्दा मध्ये बाट मनोनित – सदस्य ५ (सदस्यहरुको विवरण अनुसूचिमा समावेश गरिएकोछ ।) सचिव, अर्थ मन्त्रालय |
सदस्य |
| ५ | प्रतिनिधि, गरिबी निवारण कोष | सदस्य |
| ६ | कार्यकारी निर्देशक | सदस्यसचिव |
३) सुदूरपश्चिम विकास आयोगको सचिवालय
आयोगको कार्य संचालन तथा कर्यान्वयनमा सहयोग पुर्याउन, आयोगको दैनिक प्रशानिक कार्य संचालन गर्न आयोगको सचिवालयको व्यवस्था गरिएको छ । नेपाल निजामती सेवाको कम्तीमा राजपत्रांकित प्रथम श्रेणीको अधिकृतको नेतृत्वमा आयोगको सचिवालयको लागि देहाय बमोजिम व्यवस्था गरिएको छ । (सचिवालयमा कार्यरत कर्मचारीहरको विवरण अनुसूचिमा समावेश गरिएकोछ ।)
| क्र.स | पद | श्रेणीरसेवा र समुह | दरबन्दी संख्या | पदपूर्ति | रिक्त |
| १ | कार्यकारी निर्देशक | कम्तिमा रा.प.प्रथम | १ | १ | ० |
| २ | उप–सचिव | रा.प.द्वितिय | १ | १ | ० |
| ३ | शाखा अधिकृत | रा.प.तृ. | ३ | १ | २ |
| ४ | नायब सुब्बा | रा.प.अन.प्रथम | ४ | १ | ३ |
| ५ | लेखापाल | रा.प.अन.प्रथम, प्रशासन, लेखा | १ | १ | ० |
| ६ | कम्प्यूटर अपरेटर | रा.प.अन.प्रथम, प्रशासन, सा.प्र | २ | २ | ० |
| ७ | खरिदार | रा.प.अन.द्वितिय | ३ | १ | २ |
| ८ | हलुका सवारी चालक | श्रेणी बिहीन | २ | २ | ० |
| ९ | कार्यालय सहयोगी | श्रेणी बिहीन | ४ | ४ | ० |
| जम्मा | २१ | १४ | ७ |
आयोगको सचिवालयको लागि उल्लेखित कर्मचारीको व्यवस्था सामान्य प्रशासन मन्त्रालयले गर्ने गरेको छ । यसको लागि प्रत्येक बर्ष श्रावण महिनाको पहिलो हप्तामा दरबन्दी समितिको बैठकबाट अस्थाई रूपमा दरबन्दी स्वीकृत गरी विभिन्न निकायमा हाल कार्यरत कर्मचारीहरु मध्येबाट लामो अवधिको काजमा कर्मचारी खटाउने व्यवस्था गरेको छ ।